1、部分代理记账公司没有与委托单位签订正式委托代理合同，且无对双方权利、义务缺少明确的规定。在实际的工作中遇到争议时，无法分清相关的责任。在选择代账公司的时候，企业就要更加的谨慎。
2、部分“代理记账公司”没有合法的代理记账资质，发生问题时选择回避责任，损害委托单位的相关利益。小企业在选择代账服务公司时需特别注意相关事项。
3、财务软件的使用需要备案，且需支付一定的费用，部分代理记账单位没有采用批准的财务软件从而赚取利差。
4、会计资料交接不专业、不够规范。代理记账单位在接受委托单位的会计原始凭证及资料时，不办理交接手续，发现遗失或毁损时无法进行有效的查找。
